金門的地理位置得天獨厚，使其成為生物多樣性的重要據點。由於地處東亞澳遷徙路線上，金門吸引了大量候鳥和過境鳥種，每年鳥類的來訪不僅增添了當地生態的活力，也為遷徙行為提供了寶貴的資源。截至2023年，金門記錄到的鳥類已超過400種，這其中包括夏季時鮮艷的栗喉蜂虎以及冬季聚集成群的鸕鶿，展現了季節性變化的生態景觀。
此外，金門的生態環境還孕育了多種珍稀動植物。例如，瀕危物種歐亞水獺在此棲息，展示了金門的重要性。同時，一些臺灣本島少見的物種如冠八哥與金龜，也在金門找到合適的棲地，更有東南亞特殊之緬甸蟒和戴勝等。金門不僅是一座生態寶庫，還是一個適合進行環境教育與生態研究的重要基地，其獨特的自然資源值得國內外共同關注與保護。
